高校一年生の冬、六合鴇時（りくごうときどき）は最先端技術を利用した次世代型博物館・大江戸幕末巡回展を訪れる。
そこはCGとの合体により、特殊なゴーグルをかけることで幕末を体験できるテーマパークだった。

　ところが散策の途中、鴇時は突如現れた妖（あやかし）、鵺（ぬえ）に襲われ、
江戸時代幕末に似てはいるが、人と妖が存在する異世界“あまつき”に飛ばされてしまう。

　鵺から鴇時を救ってくれた少女・朽葉（くちは）や、鴇時と同じく幕末巡回展を訪れていたにもかかわらず
2年も前に飛ばされていた同級生・篠ノ女紺（しののめこん）と出会い、元の世界へ戻る方法を探す鴇時。

　その中で、“人”の側である姫巫女・銀朱（ぎんしゅ）や“妖”の側である梵天（ぼんてん）と出会い、
鴇時は自らの使命を知ることになる。

　元の世界“彼岸”に帰るために “あまつき”の破壊者となるか、“あまつき”を守るためにその主となるか。
鴇時が取る行動とは――。